Дезинфекция непосредственно сооружений водоснабжения (насосные станции, резервуары, скважины, напорные баки, фильтры) имеет свои особенности, регулируемые нормами СанПиН.  Прежде всего речь идёт о невозможности проведения гидродинамической или механической (с помощью поршня) прочистки сооружений водоснабжения с большим внутренним объёмом.  Технологический процесс дезинфекции прочих сооружений водоснабжения так же имеет свои аспекты, которые необходимо учитывать как в ходе составления проектной документации, так и при проведении дезинфекции таких сооружений.